{rfName}
Ta

Indexat a

Llicència i ús

Licencia Icono OpenAccess

Citacions

16

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Castanera, RAutor (correspondència)

Compartir

17 dejuny de 2025
Publicacions
>
Article
Sí

Tandem LTR-retrotransposon structures are common and highly polymorphic in plant genomes

Publicat a: Mobile DNA. 16 (1): 10- - 2025-03-12 16(1), DOI: 10.1186/s13100-025-00347-y

Autors:

Morales-Diaz, N; Sushko, S; Campos-Dominguez, L; Kopalli, V; Golicz, AA; Castanera, R; Casacuberta, JM
[+]

Afiliacions

CRAG CSIC IRTA UAB UB, Ctr Res Agr Genom, Campus UAB - Autor o coautor
IRTA Genom & Biotechnol, Edifici CRAG,Campus UAB, Bellaterra 08193 - Autor o coautor
Justus Liebig Univ Giessen, Dept Plant Breeding - Autor o coautor
Max Planck Inst Biol Tubingen, Dept Mol Biol - Autor o coautor
Veure més

Resum

BackgroundLTR-retrotransposons (LTR-RT) are a major component of plant genomes and important drivers of genome evolution. Most LTR-RT copies in plant genomes are defective elements found as truncated copies, nested insertions or as part of more complex structures. The recent availability of highly contiguous plant genome assemblies based on long-read sequences now allows to perform detailed characterization of these complex structures and to evaluate their importance for plant genome evolution.ResultsThe detailed analysis of two rice loci containing complex LTR-RT structures showed that they consist of tandem arrays of LTR copies sharing internal LTRs. Our analyses suggests that these LTR-RT tandems are the result of a single insertion and not of the recombination of two independent LTR-RT elements. Our results also suggest that gypsy elements may be more prone to form these structures. We show that these structures are highly polymorphic in rice and therefore have the potential to generate genetic variability. We have developed a computational pipeline (IDENTAM) that scans genome sequences and identifies tandem LTR-RT candidates. Using this tool, we have detected 266 tandems in a pangenome built from the genomes of 76 accessions of cultivated and wild rice, showing that tandem LTR-RT structures are frequent and highly polymorphic in rice. Running IDENTAM in the Arabidopsis, almond and cotton genomes showed that LTR-RT tandems are frequent in plant genomes of different size, complexity and ploidy level. The complexity of differentiating intra-element variations at the nucleotide level among haplotypes is very high, and we found that graph-based pangenomic methodologies are appropriate to resolve these structures.ConclusionsOur results show that LTR-RT elements can form tandem arrays. These structures are relatively abundant and highly polymorphic in rice and are widespread in the plant kingdom. Future studies will contribute to understanding how these structures originate and whether the variability that they generate has a functional impact.
[+]

Paraules clau

DnaEvolutionProvidesRecombinationSizeTransposable elements

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Mobile DNA a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència Scopus (SJR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2025, es trobava a la posició , aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Molecular Biology.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2026-04-03:

  • WoS: 6
  • Europe PMC: 5
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-03:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 8.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 8 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 1.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 1 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
  • Assignació d'un Handle/URN com a identificador dins del Dipòsit en el Repositori Institucional: http://hdl.handle.net/20.500.12327/4589
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Germany.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Morales-Díaz, N) i Últim Autor (Casacuberta, JM).

els autors responsables d'establir les tasques de correspondència han estat CASTANERA ANDRES, RAUL i Casacuberta, JM.

[+]

Observacions

MICINN/Programa Estatal para impulsar la investigación científico-técnica y su transferencia/ PID2022-143167NB-I00/ES/Los Transposones, un motor de la evolución de los genomas de plantas/; MICIU/Programa Estatal de generación del conocimiento y fortalecimiento científico y tecnológico del sistema I+D+I/CEX2019-000902-S/ES/ /; MICINN/Programa Estatal de promoción del talento y su empleabilidad en I+D+I/IJC2020-045949-I/ES/ /; MICINN/ /RYC2022-037459-I/ES/ /
[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

Open Access funding provided thanks to the CRUE-CSIC agreement with Springer Nature. The work done at CRAG was funded by grant PID2022-143167NB-I00 funded by MICIU/AEI/ 10.13039/50110001103 and by “ERDF/EU” and grant CEX2019-000902-S funded by MICIU/AEI /10.13039/501100011033. NMD is funded by Grant PRE2020-095111 Funded by MCIU/AEI /10.13039/501100011033 and by “ESF Investing in your future”, and RC was partially funded by a Juan de la Cierva contract, grant IJC2020-045949-I funded by MICIU/AEI /10.13039/501100011033 and by European Union NextGenerationEU/PRTR”, and is now a Ramón y Cajal contract holder, RYC2022-037459-I funded by MICIU/AEI/ 10.13039/501100011033 and by FSE+. AAG was supported by the LOEWE Start Professorship from the Hessian Ministry for Science and the Arts. VK was supported by GRK 2843 from the German Research Foundation (DFG).
[+]