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Castanera, RAutor (correspondencia)

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17 de junio de 2025
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Artículo
Sí

Tandem LTR-retrotransposon structures are common and highly polymorphic in plant genomes

Publicado en: Mobile DNA. 16 (1): 10- - 2025-03-12 16(1), DOI: 10.1186/s13100-025-00347-y

Autores:

Morales-Diaz, N; Sushko, S; Campos-Dominguez, L; Kopalli, V; Golicz, AA; Castanera, R; Casacuberta, JM
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Afiliaciones

CRAG CSIC IRTA UAB UB, Ctr Res Agr Genom, Campus UAB - Autor o Coautor
IRTA Genom & Biotechnol, Edifici CRAG,Campus UAB, Bellaterra 08193 - Autor o Coautor
Justus Liebig Univ Giessen, Dept Plant Breeding - Autor o Coautor
Max Planck Inst Biol Tubingen, Dept Mol Biol - Autor o Coautor
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Resumen

BackgroundLTR-retrotransposons (LTR-RT) are a major component of plant genomes and important drivers of genome evolution. Most LTR-RT copies in plant genomes are defective elements found as truncated copies, nested insertions or as part of more complex structures. The recent availability of highly contiguous plant genome assemblies based on long-read sequences now allows to perform detailed characterization of these complex structures and to evaluate their importance for plant genome evolution.ResultsThe detailed analysis of two rice loci containing complex LTR-RT structures showed that they consist of tandem arrays of LTR copies sharing internal LTRs. Our analyses suggests that these LTR-RT tandems are the result of a single insertion and not of the recombination of two independent LTR-RT elements. Our results also suggest that gypsy elements may be more prone to form these structures. We show that these structures are highly polymorphic in rice and therefore have the potential to generate genetic variability. We have developed a computational pipeline (IDENTAM) that scans genome sequences and identifies tandem LTR-RT candidates. Using this tool, we have detected 266 tandems in a pangenome built from the genomes of 76 accessions of cultivated and wild rice, showing that tandem LTR-RT structures are frequent and highly polymorphic in rice. Running IDENTAM in the Arabidopsis, almond and cotton genomes showed that LTR-RT tandems are frequent in plant genomes of different size, complexity and ploidy level. The complexity of differentiating intra-element variations at the nucleotide level among haplotypes is very high, and we found that graph-based pangenomic methodologies are appropriate to resolve these structures.ConclusionsOur results show that LTR-RT elements can form tandem arrays. These structures are relatively abundant and highly polymorphic in rice and are widespread in the plant kingdom. Future studies will contribute to understanding how these structures originate and whether the variability that they generate has a functional impact.
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Palabras clave

DnaEvolutionProvidesRecombinationSizeTransposable elements

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Mobile DNA debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2025, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Molecular Biology.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-02:

  • WoS: 6
  • Europe PMC: 5
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-02:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 8.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 8 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 1.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: http://hdl.handle.net/20.500.12327/4589
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Germany.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Morales-Díaz, N) y Último Autor (Casacuberta, JM).

los autores responsables de establecer las labores de correspondencia han sido CASTANERA ANDRES, RAUL y Casacuberta, JM.

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Observaciones

MICINN/Programa Estatal para impulsar la investigación científico-técnica y su transferencia/ PID2022-143167NB-I00/ES/Los Transposones, un motor de la evolución de los genomas de plantas/; MICIU/Programa Estatal de generación del conocimiento y fortalecimiento científico y tecnológico del sistema I+D+I/CEX2019-000902-S/ES/ /; MICINN/Programa Estatal de promoción del talento y su empleabilidad en I+D+I/IJC2020-045949-I/ES/ /; MICINN/ /RYC2022-037459-I/ES/ /
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Reconocimientos ligados al ítem

Open Access funding provided thanks to the CRUE-CSIC agreement with Springer Nature. The work done at CRAG was funded by grant PID2022-143167NB-I00 funded by MICIU/AEI/ 10.13039/50110001103 and by “ERDF/EU” and grant CEX2019-000902-S funded by MICIU/AEI /10.13039/501100011033. NMD is funded by Grant PRE2020-095111 Funded by MCIU/AEI /10.13039/501100011033 and by “ESF Investing in your future”, and RC was partially funded by a Juan de la Cierva contract, grant IJC2020-045949-I funded by MICIU/AEI /10.13039/501100011033 and by European Union NextGenerationEU/PRTR”, and is now a Ramón y Cajal contract holder, RYC2022-037459-I funded by MICIU/AEI/ 10.13039/501100011033 and by FSE+. AAG was supported by the LOEWE Start Professorship from the Hessian Ministry for Science and the Arts. VK was supported by GRK 2843 from the German Research Foundation (DFG).
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